João Pedro Morais comenzó sus estudios de posgrado en Matemáticas Aplicadas y Computación en el Departamento de Matemáticas de la Universidad de Aveiro (Portugal). Durante su tercer año, fue invitado a continuar sus estudios en el Instituto de Matemáticas y Física de la Universidad Bauhaus de Weimar (Alemania) a través del Programa ERASMUS, donde obtuvo su doctorado en Matemáticas con la distinción magna cum laude. Tras finalizar su doctorado, trabajó como investigador postdoctoral en la misma universidad durante siete meses.

Matemático y Maestro en Ciencias por la Universidad Nacional Autónoma de México, obtuvo su doctorado en la Universidad de Missouri-Columbia, como becario del programa CONACYT-Fulbright-García Robles, bajo la dirección del Prof. Steve Hofmann. Luego de realizar una estancia de tres años como J. L. Doob Posdoctoral Professor en la Universidad de Illinois (Urbana-Champaign), desarrolló su labor de docencia e investigación en México, dirigiendo varias tesis en niveles de licenciatura, maestría y doctorado, y fungiendo como mentor de varias estancias posdoctorales.